目前临床上还没有彻底研究清楚胼胝体发育不良的原因，可能与遗传因素、环境因素以及感染因素有一定的关系，如：
1、遗传因素：有些学者认为胼胝体发育不良是由于基因在胚胎发育的过程中出现突变、缺失或者重排；胚胎发育过程中染色体出现异常，比如染色体缺失、增多或者排列异常，从而影响胼胝体发育，导致胼胝体发育不良的临床表现；
2、发育环境：可能在胚胎时期存在有缺血、缺氧的改变，特定的环境因素也可以影响胼胝体发育，比如妈妈在妊娠期间吸烟、酗酒，可导致出生之后出现胼胝体发育不良的临床表现；
3、感染因素：由于特殊的细菌或者是病毒感染，影响胚胎时期胼胝体的发育，从而导致胼胝体发育不良的症状。
