一般可以应用红霉素眼膏涂抹肛门，但多数肛门的良性疾病，痔疮、肛裂等都不是微生物感染所致，因此应用红霉素眼膏没有临床意义，在治疗方面也没有意义。但红霉素眼膏含有油剂，涂抹在肛门处后有润滑的作用，可以使患者感觉到肛门比较舒服。通常痔疮膏、痔疮栓也都含有一定的油性成分，也能起到润滑的作用，因此对于多数肛门疾病而言没有必要涂抹红霉素眼药膏。
但如果肛门存在微生物的感染，合并有细菌的感染，此时涂抹红霉素眼膏有一定效果。但应用抗生素并非可能治疗所有的微生物感染，比如肛周脓肿，即使是静脉输注抗生素治疗效果也不佳，部分疾病需要经过手术治疗才能获得比较好的效果。因此对于具体药物的运用，建议患者经过专业的医生诊治以后再决定。
