通常川崎病急性期，规定到8-12周复查一次。如果3个月复查时，患儿没有合并严重的心血管后遗症，也没有肝功能损伤或其它系统受累的表现，可以停药，认为急性期的川崎病已经度过。后期建议患儿3-6个月进行门诊的随访。随访内容包括复查血常规、心电图，冠状动脉超声尤其重要，要评估远期有无冠状动脉受累。
如果是比较轻型的川崎病，没有合并严重冠状动脉受累，建议随访1年左右。如果家长有条件，也可以定期1-2年对孩子的心脏进行检查，看后期有无远期的心血管合并症。如果急性期合并心血管合并症，比如川崎病合并冠状动脉扩张、冠状动脉瘤、缺血性心肌病，建议长期进行心内科门诊随访，一直到冠状动脉回缩正常。
