益生菌对食物不耐受的改善有效果。益生菌是通过定植在人体内，改变宿主某一部位菌群组成，是对宿主有益的活性微生物，通过调节宿主黏膜与系统免疫功能，或通过调节肠道内菌群平衡，促进营养吸收，保持肠道健康，从而有利于身体健康。益生菌在改善身体消化道黏膜和免疫力方面起着积极作用，健康的消化道黏膜和免疫力，为身体提供更强有力的物理保护和化学保护，使不耐受食物对身体的刺激也会减少，从而减轻过敏症状，是一个良性的循环。
益生菌是对身体整体肠道的健康和免疫力起到改善和加固的作用，自然会对不耐受的食物起到屏障的作用，尤其对阳性食物特别多、肠瘘特别严重的患者，对过敏的改善较为显著。检测结果为阳性的食物，通常建议患者忌口，在不吃这种食物的同时，应寻找替代食物。而替代品需要遵循同类法则，兼顾营养，避免交叉反应。最安全的替代原则是基于大组合90项检测，在组内寻找阴性的食物进行替代。
