目率前列腺增生通常选择微创手术，如经尿道前列腺电切术或激光剜除术，对病人创伤较小，后遗症出现也较少。近期后遗症通常是血尿、尿频、尿痛，远期后遗症最严重为尿失禁，但比率较低，有研究报道1‰病人可能会出现尿失禁。

尿失禁病人手术时需保持尿道外括约肌不受损伤，病人术后短期会出现功能性尿失禁，3个月后，最长0.5-1年后尿失禁恢复，变为正常控制排尿。一旦1年以后仍尿失禁，即为器质性尿失禁，比较难治疗。

此外，术后后遗症包括性功能障碍，最常见逆行射精，病人有射精感觉但无精液出现，约25%会出现勃起功能障碍。