阴茎流脓的用药需根据病因进行选择，具体如下：
一、尿道炎：1、口服盐酸米诺环素：如由尿道炎引起的阴茎尿道外口流脓，可以口服盐酸米诺环素治疗，盐酸米诺环素对淋球菌引起的尿道炎有明显治疗效果，多数病人阴茎尿道刺痛、隐痛、流脓症状会明显减轻。2、口服盐酸多西环素：阴茎尿道流脓还可以口服盐酸多西环素治疗，盐酸多西环素对衣原体、支原体及淋球菌感染引起的尿道炎都有明显的治疗效果。口服上述药物治疗后多数病人尿道口流脓症状会明显好转；
二、龟头溃疡：1、局部涂抹碘伏：龟头溃疡引起的阴茎流脓现象可以局部使用碘伏涂抹，多数病人阴茎龟头溃疡症状会明显好转。2、口服阿奇霉素分散片：阴茎龟头溃疡还可以口服阿奇霉素分散片治疗，多数病人龟头溃疡症状会明显减轻；
三、梅毒引起的龟头硬下疳：由梅毒引起的龟头硬下疳出现溃疡症状时，可以用长效青霉素治疗。