中段尿检查主要应用于病原体检测，通过尿培养，获得尿路感染发生的病原微生物类型，并根据病原微生物类型，选择敏感的抗生素进行治疗。一般在人体外阴部都有细菌存在，所以收集中段尿时，应当避免外来细菌污染。
女性一般需要用肥皂水或者碘伏清洗外阴，然后取中段尿10-20ml，进行病原微生物检测。男性需要清洁包皮、龟头等部位，然后再取中段尿进行尿培养。如果是厌氧菌培养，一般建议耻骨上穿刺抽取尿液进行培养，而且需要应用厌氧菌专用的小瓶。
对于一部分有排尿困难的患者，可以尝试留置导尿，进行中段尿的标本留取，通常先释放出头15ml的尿液，再取尿液进行尿培养。如果是因为多次导尿而导致的感染，一般不建议应用此种方法进行尿标本留取。留取到尿标本后，要尽快送检。
