输尿管体外碎石治疗尽管是微创治疗，并非绝对意义上的无创。在治疗中，治疗的病例选择得不合适等因素会造成一定的人体损伤，主要包括结石、感染、损伤以及其他系统的问题。具体如下：

1、结石：在结石的治疗中，最常见的是结石形成。结石形成后处理起来比较麻烦，其形成的原因主要是在选择病例的时候，结石过大引起来的。还有在排石的过程中，会出现肾绞痛症状，需要进行对症处理。如果有残余结石，可能需要多次治疗；

2、感染：在体外碎石后，患者可能会出现感染症状，此种症状可能较轻，呈现为菌血症，严重的呈现为脓毒血症，需要引流和及时、有效、强有力的抗感染治疗；

3、损伤：最常见的损伤是肾脏损伤，肾脏损伤包括包膜下血肿、肾脏挫裂伤、弥漫性或局部性纤维化，甚至会出现急性肾功能衰竭。冲击波碎石后对其他周围脏器的影响，比如出现胰腺损伤、结肠损伤等问题，是否会引起高血压和糖尿病，目前尚存在争议。输尿管结石进行体外冲击波碎石的时候，也要严格按照适应证选择病例。