通常精液质量与物理指标、物理参数、精子数量、精子活力与精子形态等指标相关，精液质量指标主要影响怀孕环节，若精子数量少、活力差、形态不佳可能会影响精卵结合概率、影响精卵变成受精卵。若已经形成受精卵，与上述相关指标无关，即胚胎是否健康，是否会发生胎停、流产，孩子出生后是否存在异常与精子数量、活力、形态没有直接关系。

精子内在品质与胚胎健康有直接关系，即精子头部携带遗传信息完整性、质量等。目前常用检查为精子碎片、精子DNA损伤概率，通常精子碎片率在15%以内比较好，30%以内也可被接受，但超过30%则说明精子内在品质较差。