靶向治疗副作用比较小，只有化疗的1/3，但不同靶向药物也具有不同副作用，主要包括皮疹、皮肤瘙痒等皮肤不良反应，还有引起血压改变，比如高血压、出血、胃肠道穿孔，同时还有一部分患者可能有恶心、呕吐等不良反应。
出现上述不良反应后，需要根据系统、严重程度不同的症状，进行相应治疗。皮肤不良反应，比如皮炎、皮肤瘙痒病人，要进行抗过敏治疗或对症应用软膏。高血压和明显出血倾向可能需要停药，胃肠道穿孔患者可能还需要外科及时会诊。对于出现恶心、呕吐的患者，可能尝试联合应用抗呕吐药品治疗，所以靶向治疗药物不良反应较轻而且可控。
