判断维生素B6缺乏主要是根据临床表现，维生素B6缺乏以后，皮肤可以出现损害，如出现脂溢性皮炎，甚至出现口角炎、舌炎。也可以表现在皮肤皱褶地方，如女性乳房下面的皮肤出现糜烂，也可以出现前臂、额头甚至出现腹部明显的色素斑。维生素B6缺乏以后，也可以造成全身各个系统的损伤，如在血液系统，可以出现铁粒幼细胞性贫血，也可以造成消化功能减退，出现明显的食欲不振、食欲减退、恶心、呕吐，也可以表现为精神受损害，如出现周围神经受损害，手足麻木、刺痛等。也可以出现情绪明显低落，甚至出现抽搐、癫痫样发作。
对于儿童或青少年，会出现明显的抽搐或者癫痫样发作，这是儿童维生素B6缺乏的特征。初步根据缺乏维生素B6的临床表现进行判断，怀疑是维生素B6缺乏。如果想要明确需要在医院进行，包括血液和尿液测定维生素B6及其代谢产物，帮助明确诊断。
