具体来说，目前基本公认肛瘘是肛腺感染病灶所致。肛瘘的发生原因主要是肛管内肛腺感染，腹泻患者即大便次数过多的患者，得肛管内肛腺感染的机会更多，但是也不是大便正常的人就不会得。人体有肛腺结构就有得肛瘘的机会，一旦出现肛周脓肿、肛瘘，患者应该及时到正规医院处理。
男性和女性导致肛瘘的原因、发病机制相同，但是男性肛周脓肿、肛瘘发病率要远高于女性，可能与男性激素的分泌有关系。肛瘘发病原因主要在于肛管的齿线有隐窝，隐窝类似布口袋，袋口朝上。隐窝内部有肛腺开口，肛腺感染以后会成形成感染性病灶，穿过括约肌间隙以后形成原发性脓腔，再沿着原发性脓腔向四周扩散，形成各种类型的窦道，比如高位复杂肛瘘、低位单纯性肛瘘等很多类型的肛瘘。
