治疗肛瘘最有效的方式是手术治疗。手术治疗方式也较多，包括比较常用的窦道切开术，位置比较深或者窦道比较长的患者可以采用窦道切除术，还有窦道切除加直肠瓣转移手术，但是没有一种手术保证能100%治愈。尤其是高位复杂肛瘘，现在对于世界也是一种难题，低位特别简单的肛瘘治疗较简单，任何医生都能处理，但高位极其复杂的肛瘘，任何一个医生都不敢保证100%没有问题。因为肛瘘手术除要切除原发病病灶之外，还要保护肛门功能，不能做完手术以后窦道好了但肛门失去功能。所以肛门手术应该比较复杂，也是难度比较高的手术。肛瘘保守治疗中没有太好的药物对肛瘘有治愈效果，包括现在的外用药物、栓堵、生物胶等，都是配合手术中使用，起到一定辅助作用，单纯药物治疗无效。
