其实大多数肛瘘都有起始病因，即患者之前有过肛周脓肿，因为肛瘘是肛周脓肿的继发疾病。肛周脓肿是急性肛周炎症，肛瘘是一种慢性炎症。
肛管有一个解剖分界线，即齿状线，在齿状线当中有个解剖结构叫肛隐窝，肛门有部分腺体叫肛隐窝腺。肛隐窝腺在肛门内、外括约肌之间，肛隐窝腺的开口是肛隐窝。
因此，有时排便或稀便等各种偶然因素，可使细菌或粪便入侵到肛隐窝腺造成感染，此时在肛门内、外括约肌间形成感染灶。而感染灶炎症发作后向周围的间隙扩散，进而形成肛周脓肿。肛周脓肿通常会切开引流或进行一期内痔治疗。
若肛周脓肿没有治愈就会形成肛瘘，肛瘘就是肛门外面有一个瘘口，肛门里有个瘘口，两个瘘口之间有瘘管连接。肛瘘的内口，就是之前感染的肛隐窝腺在肛管里的开口位置。因此，无论是肛瘘还是肛周脓肿，治愈就是必须要找到内口。
