在接受幽门螺杆菌根除治疗以后，应停药4-6周，再来复查治疗效果，至少要停药4周。因为幽门螺杆菌在抗生素的压力下，很多细菌会发生球形变，这时进行幽门螺杆菌的检测，是检测不到的，是一种假阴性状态。球形变的细菌，尿素酶的活力较差，所以会导致临床出现假阴性结果。但是一停药，过一段时间，这些细菌并没有被完全根除掉，又复制，看起来好像细菌的感染又复发，其实并没有彻底根除这些细菌，所以应该停药达到一定时间以上，要求至少4-6周，然后再来进行检测。

通常患者可以比4周时间更长，但是不能比4周时间短复诊，要停止治疗期间服用的质子泵抑制剂、拉唑类药物、铋剂。有溃疡病的病人，在进行幽门螺杆菌根除以后，还会继续服用质子泵抑制剂，如奥美拉唑类，一直服用到8周，溃疡才能愈合。这时也需要在质子泵抑制剂停药至少2周，然后再进行呼气试验复查，看幽门螺杆菌是否被根除。如果再持续使用铋剂，至少铋剂需要停药1个月才可以进行复查。否则幽门螺杆菌是阴性，但是实际上不到半年，甚至2个月就又复发。这时不是再感染，是根本未将幽门螺杆菌彻底根除。