儿童细菌感染的主要治疗是应用抗生素，细菌感染要用治疗细菌的药物，治疗细菌的药物即抗生素。细菌感染用的抗生素要根据感染细菌的种类，以及对药物敏感程度，选择合适的抗生素。
在很多时候，儿童细菌感染以后，并不能够有效判断细菌种类，也不能判断细菌对药物敏感程度。很多时候对细菌感染的儿童，其实是经验性地应用抗生素。
若要明确细菌类型，需要做细菌培养，细菌培养需要1-2周才能出结果，此段时间细菌感染已经痊愈。若明确细菌感染对某种药物敏感，也只是在体外实验，不能完全充分反映体内情况。因此儿童细菌感染，很多都是经验性的应用抗生素，即通过研究发现，最容易引起来疾病的细菌。
比如化脓性扁桃体炎，最常见的细菌为是链球菌，链球菌对青霉素类的药物比较敏感，要选择阿莫西林或者头孢进行治疗。对于肠道细菌感染，容易是复氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌等细菌感染。目前指南中比较推荐的药物为阿奇霉素，对细菌感染比较敏感、有效。
儿童细菌感染主要是经验性的选择抗生素，根据其不同部位、不同表现，选择不同抗生素。年龄较大的儿童，可能还是支原体感染为主，而不是细菌感染，据此进行药物的选择和治疗。
