两个月宝宝轻微咳嗽、有鼻塞，具体原因如下：

1、上呼吸道感染：特别是病毒感染时，宝宝可能会出现咳嗽症状，同时伴有鼻塞、流涕。出现此情况，要尽早进行相应处理。如果孩子同时有发热的情况，反应出感染的可能性，需及时进行对症处理；

2、存在过敏倾向：宝宝对环境中温度、理化因素或变应原过敏，出现咳嗽、鼻塞现象。此时需要适当使用抗过敏药物缓解症状，缓解症状，改善鼻子通气情况。

对于两个月宝宝，预防呼吸道感染与避免过敏原的刺激非常重要。