如果病人查体或者进行治疗时发现肾脏脓肿，吃口服药物效果不理想，必须静脉应用药物。

如果囊肿较小，无法进行穿刺抽样来诊断感染造成脓肿的病原微生物种类，就需要静脉根据经验来应用喹诺酮类的药物、β-内酰胺类抗生素或者某些厌氧菌类的药物来进行治疗，绝大多数可明显好转。

如果囊肿出现感染，也就是发生脓肿，条件允许时可做穿刺抽液做相应的脓液培养，根据脓液培养的结果来应用相应的药物。绝大多数采用喹诺酮类的药物、β-内酰胺类的药物或者某些厌氧菌的药物进行治疗。

进行药物治疗的同时也需要寻找造成肾脓肿的原因，是囊肿感染造成，还是由于机体其他系统异常造成机体免疫力低下而引起。往往这种情况发生在糖尿病患者身上较多，因为糖尿病容易造成尿液中葡萄糖增加，细菌容易在含有糖分增高的尿液中繁殖，从而出现泌尿系统感染。

糖尿病的病人由于机体抵抗力下降容易出现肾脓肿，而且有部分肾脓肿可以在肾脏出现多发的情况。这是由于血液传播造成，需要寻找原因才能使肾脓肿得到彻底的治疗。