射精疼痛常常提示有生殖道感染，病人出现射精疼痛症状时，常常伴有慢性前列腺炎。慢性前列腺炎病人，由于感染性致病微生物，会引起精液发生感染，会导致射精后，精液进入后尿道，引起后尿道黏膜水肿、糜烂，会出现后尿道黏膜破损，会出现射精时疼痛症状。
病人出现上述症状时，需及时到泌尿外科就医，通过精液细菌培养，通过精液支原体、衣原体培养，常常能找到致病微生物，通过选择有效的抗生素，如磷霉素氨丁三醇散、呋喃妥因肠溶片、阿莫西林胶囊、甲硝唑片等药物。
同时配合中成药物治疗，如热淋清颗粒、八正胶囊，可以明显的缓解射精疼痛症状，通过上述药物治疗，多数病人射精疼痛症状会彻底好转，病人在治疗期间不能同房。
