肾脏结石传统手术方式要做腰部20-30cm的切口把肾实质切开，取出结石后再将其进行缝合，这种手术方式创伤非常大，属于较大手术，常规病人至少要卧床休息一周，甚至更长时间。现在很少再通过这样的方式进行治疗，而是通过微创手术方式，即将治疗镜通过尿道逆行上行到输尿管，再到肾脏内，发现结石以后通过钬激光碎石工具把石头击碎后排出体外。这种方式没有刀疤，利用人体的自然通道，恢复会非常快，基本上第二天就可以下床活动，观察1-2天就可以出院回家。
如果结石较大，可以通过经皮肾镜，即从后腰部建立通道到肾脏，找到肾脏结石后把结石击碎再取出体外，这种手术方式因为在肾脏上建立了小通道，相应的出血风险比输尿管软镜的方式可能会稍微增大，但因为通道较小，恢复也非常快。如果结石很大，引起积水很重，可以通过腹腔镜的方式，将结石取出，损伤情况也明显降低。
