小便颜色呈深褐色，首先考虑存在血尿。如果是静脉性出血，且量较多，尿液的颜色一般呈暗红色，甚至深褐色，尿常规检查提示尿液中有大量的红细胞存在。对于血尿，最重要的是追寻发病原因，而血尿的严重程度和疾病的严重程度并无相关性，轻症患者可以出现严重的血尿，而重症患者可以出现不严重的血尿。出现血尿98%是泌尿系统的原因，2%是其他系统的原因，除了泌尿系统原因以外，还包括了心血管系统、自身免疫系统、血液系统以及感染等。尿路邻近器官，如男性生殖系统和女性生殖系统疾病都会导致血尿的发生，运动以后会出现血尿，一些药物也会引起血尿，所以出现血尿要结合伴随症状以及必要的辅助检查来明确诊断。

另外一种引起小便颜色呈深褐色的原因，是考虑存在有血红蛋白尿或者肌红蛋白尿，尿液中如果出现血红蛋白或者肌红蛋白，尿液往往呈现浓茶色、红葡萄色和酱油色。血红蛋白尿往往见于严重的血管内溶血，比如溶血性的贫血、阵发性睡眠性血红蛋白尿症、血型不合的输血。肌红蛋白尿一般见于挤压综合征或者缺血性肌坏死等疾病，剧烈运动的时候，也会出现肌红蛋白尿，在肌红蛋白尿当中，尿常规检测红细胞呈阴性，但是尿隐血试验却呈阳性。