抗甲状腺过氧化物酶抗体低一般是正常情况。一般在病理状况下机体将甲状腺当成抗原，产生针对甲状腺的一些自身抗体，包括抗甲状腺过氧化物酶抗体、微粒体抗体、促甲状腺激素受体抗体。此时机体分不清敌我，对机体十分不利。
抗甲状腺过氧化物酶抗体高常见于桥本甲状腺炎、弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症，以及其他的自身免疫性疾病，如类风湿性关节炎、皮肌炎、SCLE病、系统性红斑狼疮、多发性肌炎、重症肌无力。
若机体的抗甲状腺过氧化物酶抗体低，说明机体没有发生上述病症是正常的现象。此时抗甲状腺过氧化物酶抗体低，可忽略不计，相当于查尿常规时尿糖是阴性、尿蛋白是阴性等机体的正常反应。
因此，若患者出现抗甲状腺过氧化物酶抗体下降、减低，即提示机体目前处于正常状态，没有发生一些自身免疫性疾病。一般在一些自身免疫性疾病时，根据病因的不同产生抗体的水平也不一样。
比如发生桥本甲状腺炎时，抗甲状腺过氧化物酶抗体升高的程度比甲状腺功能亢进症高很多。因为桥本甲状腺炎是自身免疫性疾病里较明显的一种。
