脊索瘤在鞍区斜坡或者侧颅底弥漫生长、侵犯骨质、破坏骨质，压迫神经，从而引起疼痛。脊索瘤压迫三叉神经可引起一侧面部疼痛，随着肿瘤扩大，可引起颅高压，造成患者头痛、头晕、恶心、呕吐。脊索瘤痛只有通过手术治疗减轻脊索瘤对三叉神经的压迫才可缓解。
脊索瘤引起疼痛并不常见，而在脊髓瘤发生和发展过程中侵犯侧颅底、海绵窦以后，压迫三叉神经导致疼痛较为常见。如果为单纯脊索瘤引起的疼痛，充分制定手术方案以后进行安全手术切除，可以缓解和治疗疼痛。
如果为三叉神经压迫导致的疼痛，对三叉神经压迫进行缓解或切除肿瘤才能最终缓解患者疼痛。如果为颅高压引起的疼痛，同样需要通过减少肿瘤压迫，降低颅高压，从而起到缓解疼痛的作用。
