生大蒜含有较多的大蒜素，以及刺激、辛辣的植物性激素。如果进食生大蒜，由于没有破坏大蒜精油，所以对肠道的刺激较大，这时可能出现肠道痉挛性疼痛或者绞痛。主要的原因是肠道对于大蒜精油，以及大蒜的主要成分都不耐受，从而产生局部过敏。避免的方法是把大蒜适当加熟，可以用滚烫的油烫大蒜，或者经过炒、蒸、炸等，不要直接吃生大蒜。

对于北方人群，因为长期吃生大蒜，已经产生耐受，所以吃大蒜也不会过于难受。但对于开始不太习惯吃生大蒜的人群，应尽量避免直接服用量大的生大蒜，尽量吃稍微煮熟过或者烹饪、加工等，使大蒜精油得到挥发的食物。所以辣椒同样也是这种原因，当胃肠道不太耐受时，应尽量少吃或者吃熟的食物。