自身免疫病是由于自身免疫功能紊乱引起的免疫性疾病，包括系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎、甲状腺疾病、萎缩性胃炎、自身免疫性肝病等。此类疾病主要是由于细胞免疫功能亢进，体液免疫功能失调，造成产生自身抗体过多，细胞因子活化。
免疫缺陷病主要是细胞免疫功能缺陷、体液免疫功能缺陷、补体缺陷、白细胞吞噬功能缺陷等，主要是免疫功能低下，体内缺少细胞免疫功能。患者易感染疾病，如结核菌感染、霉菌感染、脊灰性疾病感染，抗体免疫缺陷，易患肺炎、上呼吸道感染等感染性疾病。
自身免疫病与免疫缺陷在一定程度上，就诊科室不同，通常自身免疫病到风湿免疫科或皮科、肾科。免疫缺陷病大部分发生于儿童，主要是指原发性免疫缺陷病，一般在儿童医院与儿科就诊，出现不同临床表现，应到相关科室就诊。
