患者进行肾结石微创手术的住院时间较短，若不存在感染等并发症，或严重的肾积水、肾脏功能不佳，则住院1-2天即可。医生通常会提前1天将手术排上，患者早上来到医院后进行麻醉、碎石，当手术完成后观察数小时，下午即可出院。但若患者下午来到医院，则可能需要留院观察，并在晚上出院。

手术排在第1台的患者在下午可以出院，但排在后面的患者，如下午6点甚至8点进行手术的患者通常需住院观察，在第2天甚至第3天才能出院，以保证术后的安全。患者住在医院的情况下，若出现感染或不适，甚至部分肾结石的患者合并心脏病或哮喘，一旦发病可及时发现并及时处理。