肛瘘一旦发生，一般情况下不可能自愈，因为肛瘘主要是由于肛门直肠内出现了破孔，大便随着破口逐渐流入到皮肤下面，有时形成肛门脓肿。肛门脓肿破溃了以后就形成外口，有肛门内的内口以及肛门外的外口，所以称为肛瘘。如果是肛瘘内口没有愈合，大便或脏东西会不断流入到瘘管内，有可能反复发生肛周脓肿，即使不发生肛周脓肿，瘘管慢慢的形成纤维化以后，也不可能发生自愈。
肛瘘的治疗方法，只有手术治疗才能治愈，手术要找到内口跟外口，把内口、外口同时切除，切除以后不能缝皮肤，要靠伤口内深部的肉芽组织逐渐长到皮肤下面，然后皮肤才能愈合，可以避免肛瘘术后复发，所以肛瘘的手术很简单，很快就能结束，但是肛瘘手术后愈合的时间比较长，部分患者甚至半个月，甚至10-20天才能慢慢长好。
