甲状腺过氧化物酶抗体过高对人体危害主要是会损伤甲状腺细胞，导致甲状腺细胞不能正常分泌甲状腺激素，严重者会出现甲状腺功能减退。此外，甲状腺过氧化物酶抗体实际上也可以与人体内其它组织有同源性，可能还会攻击到人体脑组织和肾脏，会发生比较少见的自身免疫性脑病或自身免疫性肾脏疾病，但此种情况较少见。
甲状腺过氧化物酶是人体内甲状腺组织合成甲状腺素需要的酶，针对甲状腺过氧化物酶产生的抗体，即人体发生了异常免疫攻击。正常人不应该出现此种抗体，因为甲状腺过氧化物酶不是液体，不是细菌、病毒，人体不应对它产生抗体，但因为免疫识别异常会产生抗体。
