一般慢性轻度萎缩性胃炎伴有肠化，要明确是否有幽门螺杆菌的感染。如果有幽门螺杆菌感染，可能使病情继续加重，要进行根除幽门螺杆菌治疗。
根除幽门螺杆菌的治疗是用四联疗法，常用奥美拉唑肠溶胶囊加上铋剂，即丽珠得乐(枸橼酸铋钾胶囊)或果胶铋(胶体果胶铋胶囊)等，同时加用两种抗生素治疗。一般疗程是10-14天，10-14天后就可以停药。
停药后可以1个月以后做碳13呼气，了解幽门螺杆菌是否被完全根除。药物用完了后可以用保护胃黏膜的药，还有中医中药。
保护胃黏膜比较常用的有替普瑞酮或吉法酯等，对萎缩可能有一定的帮助。另外有些中医中药，如胃复春胶囊或摩罗丹，可能对肠化有改善作用。但是具体改善作用有多大，临床目前还没有统一说法。但可能用这些药物后，病人萎缩可能缓解，甚至恢复到正常黏膜状态。
