维生素B₆缺乏的主要临床表现就是皮肤损害，可以出现脂溢性皮炎、结膜炎、口炎、舌炎，也可以出现皮肤痤疮，另外对其他系统，包括血液系统、神经系统、消化系统也有可能造成影响。

如出现维生素B₆缺乏，引起小细胞低色素性贫血，患者可以出现面色苍白、乏力、困倦、体力精力下降，也可以出现像食欲不振、明显的恶心、呕吐，有部分也会出现神经系统影响，如出现抑郁、焦虑、容易激惹，或儿童维生素B₆缺乏引起癫痫发作。

尽管从理论上，可以由于维生素B₆出现相应症状，但是目前还没有发现人类因为维生素B₆缺乏出现的典型病例。维生素B₆如果每天摄入量超过200mg，会引起维生素B₆中毒，可以出现周围神经损伤。

由于高同型半胱氨酸血症是引起心脑血管疾病、血栓形成的危险因素。而高同型半胱氨酸血症有研究发现2/3的患者，和叶酸、维生素B₆、维生素B₁₂缺乏有关。因此补充维生素B₆有一定地降低高同型半胱氨酸血症的作用。

另外，维生素B₆和大脑中抑制性神经递质的合成密切相关，补充维生素B₆可以治疗小儿惊厥、妊娠呕吐和抑郁、焦虑。