肾结石软镜手术是目前较高端、微创的结石治疗方法，安全系数较高，出现术后并发症和后遗症的概率较低，其主要后遗症如下：
1、残石：所有的微创手术进行前都要先告知患者会有残石的可能，即结石不能一次性清除干净，可能有碎石被周围黏膜包绕住而无法排出。此外患者结石成分较复杂或部分结石位于较隐匿的肾盏内，一次手术将所有结石清掉的难度较大；
2、肾积水：由于手术会对输尿管造成损伤，包括肾盂黏膜，所以术后可能导致输尿管变窄而出现肾积水。为预防肾积水出现，通常术后会在输尿管常规放置一根输尿管支架管，又称为D-J管或猪尾巴管，不仅能使碎石快速滑出，还能避免术后输尿管形成炎性狭窄。
