对于孕妇诊断的临床甲状腺功能减退症，即TSH大于妊娠期参考范围上限，且FT4(游离甲状腺素)小于妊娠期参考范围下限，其治疗目标是将TSH控制在妊娠期特异性参考范围的下1/2，如无法获得妊娠期特异性参考范围，则通常建议降低到TSH在2.5mU/L以下。一旦确诊妊娠期临床甲状腺功能减退症，患者应立即开始甲状腺素替代治疗，以尽早达到TSH水平控制在＜2.5mU/L的目标。

对于妊娠期的亚临床甲状腺功能减退症的患者，及TS水平高于妊娠期特异性参考范围上限，而TF4水平在妊娠期特异的参考范围之内，则需要根据患者的TPOAb(甲状腺过氧化物酶抗体)水平是否是阳性，决定TSH水平。对于TPOAb阴性的亚临床甲状腺功能减退症孕妇，TSH＜4.0mU/L时可不使用甲状腺素替代治疗，但依旧需要观察甲状腺功能的变化情况。而TSH＞4.0mU/L，则需开始使用甲状腺素替代治疗，尽量将TSH水平控制在＜2.5mU/L。而对于TPOAb阳性的亚临床甲状腺功能减退症孕妇，则需使TSH控制在＜2.5mU/L，对于不能达到目标的孕妇，则应立即开始甲状腺素替代治疗，直至将TSH水平＜2.5mU/L。