肾盂肾炎的致病菌最常见的是大肠埃希氏菌。因为肾盂肾炎通常来说是下尿路感染，其实大肠埃希氏菌是尿路感染常见菌，如果治疗不及时，或者菌量过大时，可以出现逆行感染，就是从下尿路到上尿路而导致肾盂肾炎以及全身感染风险的发生。所以致病菌最常见的是大肠埃希氏菌。
当然还有一些致病菌在临床上可以见到，比如金葡菌、绿脓杆菌、肺炎克雷伯菌等，多数都是革兰氏阴性杆菌，所以在临床上经验性用药以覆盖革兰氏阴性为主的药物选择。少见相对严重的急性肾盂肾炎也可以看到是由于金葡菌或者葡萄球菌引起，这部分的菌感染主要是血行感染，在临床上也越来越多见，更倾向于选择抗球菌药物进行治疗。
总体来说肾盂肾炎的致病菌最常见的是大肠埃希氏菌，也是在经验性治疗上选药最常规的药物的治疗菌。
