多发性硬化症是一种中枢神经系统脱髓鞘疾病，属于是神经免疫系统的范畴，目前并没有明确的发病原因和机制。临床比较认可的是由多种因素造成，主要包括有病毒感染和分子模拟学说，主要说明在病毒感染之后，激活了人体的免疫系统，然后使免疫系统产生一种交叉免疫反应。所谓自身免疫反应学说就是说明，因为前面的一种外界因素干扰，激发了自身免疫反应，一般患者都会有一种遗传致感因素。在致感因素情况下，患者的免疫调节机制相对会比较差，个人机制对于自身的蛋白和外源抗原，不能容易进行区分，此种情况下就会产生一种盲打，就好像是杀敌一百自损八十的状况。
另外，多发性硬化症具有遗传因素，但是比例比较少，同时地理因素在多发性硬化症的发病起因中也是占有非常重要的分量。距离赤道越远的地方，比如高纬度地区的发病率就会越高，低纬度地区发病率相对较低，我国和日本处于相差不多的纬度，所以发病率通常是比较相似。另外，由于疲劳、情绪激动，包括部分激素的中途停药，都可以诱发多发性硬化症的发生和加重。