病毒性角膜炎需要判断是哪种病毒感染，如急性红眼病即流行性出血性结膜炎，基本上是腺病毒和柯萨奇病毒这类病毒感染引起，基本上可以痊愈，治愈率非常高，而且也比较轻微。单疱病毒引起的病毒性角膜炎则比较麻烦，相对会迁延不愈，并且经常会反复发作。类似于有些病人，第一次治疗以后过1年感冒或身体状况较差，则又会导致复发，而且发生在原来的位置。反复发作以后角膜上则会留有斑翳，即角膜上会留有疤痕，对角膜的损伤比较大，治疗起来则会比较困难。
病毒性角膜炎除了应用抗病毒眼药水之外，也会通过口服抗病毒药物进行治疗，治疗的时间会比较长，需要3-6个月甚至更长的时间。所以在用药过程中需要进行检查，比如因为口服抗病毒药物会影响到肝功能，所以需要进行抽血化验。如果病毒性角膜炎留下瘢痕以后，在稳定时间即角膜炎没有发作，如果对视力影响比较大，则可以考虑通过手术的方式进行治疗。