肝脏磁共振可以检查部分良性病变，例如脂肪肝、肝囊肿、肝脏血管瘤、局灶性结节增生、肝脏腺瘤等。还可以检查恶性病变，例如肝癌、肝脏转移瘤。肝癌检测有其独特特异性和敏感性。因为肝癌一般发生在肝炎、肝硬化患者，其演变过程一般是从再生结节到不典型增生结节，最后发展为小肝癌，各个阶段信号特点表现不同。现在肝脏特异性对比剂会对肝脏早期病灶，发现以及检出存在重要临床意义。
胆囊磁共振检查可以检查出常见胆囊结石、胆囊腺肌症以及胆囊癌，MRCP检查又称为磁共振胰胆管成像，具有简单、快速、准确率高的特点，无需应用对比剂。此项检查对于胆道疾病，尤其是梗阻性黄疸会效果较好，不仅可以进一步明确胆道结石部位、数目，还可以进一步明确梗阻部位、范围以及病理性质，为临床诊断提供进一步诊断依据。
