脑血栓手术后并发症主要是操作过程中造成血管损伤，例如整个操作过程中导致导管对血管损伤，引起出血或者造成血栓形成改变，这是在手术中要考虑的问题。操作球囊或者支架过程中，器械在血管中对血流有影响，可能引起血栓形成，手术后血管通畅性保持程度是关注要点。
手术后血管保持通畅，病人恢复就好，手术后可能会因为血管内异物或者血管内膜损伤，会造成迟发性血栓形成，导致血管闭塞，可能血管不通畅导致远端血管闭塞，引起脑梗塞改变，出现相应症状，例如偏瘫、言语不清，或者视蒙改变。在手术后必须要密切关注手术病人神经系统症状改变，密切监护病人。
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