非典型肺炎通常指非典型病原体所致的肺炎，非典型肺炎的病原体通常指支原体、衣原体和军团菌，需要与非典进行鉴别。通常所说的非典并非非典型肺炎，而是指传染性非典型肺炎，是由SARS冠状病毒引起的急性呼吸道传染病，与普通的非典型肺炎不同，引起非典型肺炎的病原体主要是衣原体、支原体和军团菌。

不同非典型肺炎致病菌引起的肺炎有不同特征，支原体引起的肺炎通常以干咳为主要表现，而且发热通常是中低热，影像学表现与临床不匹配，即临床症状轻，而影像学表现相对较重。军团菌肺炎的特点是可以出现其它系统的改变。