多囊肾的基因是X基因还是Y基因，更准确是指X染色体还是Y染色体。多囊肾是常染色体的遗传病，婴儿型多囊肾是常染色体的隐性遗传病，而成人型的多囊肾是常染色体的显性遗传病。因此多囊肾遗传的染色体既不是X染色体也不是Y染色体，而是常染色体。
常染色体遗传的规律是遗传到男性和女性几率完全相等，不存在传男不传女或者传女不传男的问题。如婴儿型的多囊肾是常染色体隐性遗传，如果父母都有隐性的基因，他的子代出现婴儿型多囊肾的可能性就是1/4。
而成人型的多囊肾，如果父母中间只要有一方有多囊肾的染色体异常，他的子代就是有1/2的可能性出现多囊肾，因此成人型多囊肾的遗传性明显要高于婴儿型多囊肾。
