肛瘘是跟肛门相关的一种肛门周围的慢性炎症性疾病，多数情况下来自于肛周脓肿，也就是说肛周脓肿是肛门周围的一种急性炎症性疾病。肛周脓肿的主要原因是肛门内肛隐窝腺感染，向周围侵袭导致肛门周围组织感染化脓，形成脓肿，这是一种常见原因。

肛周脓肿还有一种原因是肛门周围皮肤细菌侵袭引起感染，无论是哪种学说都是肛门周围组织的感染。其部位分为四类，肛门周围的天然腔隙或皮下浅表脓肿，或坐骨直肠窝，即肛门与坐骨之间的感染，还有骨盆直肠腔隙的感染，以及直肠黏膜下脓肿。

脓肿破溃后脓液流出，形成慢性炎症，即肛瘘。主要表现是肛门里，也就是肛门腺位置有一个内口，肛门外面的皮肤上有一个外口，内口和外口之间有一个潜在的腔隙相连，肛门里头的直肠分泌物等能从内口进入到瘘管，这种内外口相连组织就叫瘘管。

因此肛瘘会包括一个肛门里的内口，肛门外的外口，内口之间叫肛瘘管，这个瘘管有时能摸到，有时手摸不到。特殊情况下可能没有外口只有内口，还有可能只有外口没有内口，典型的就是有内口和外口，还有皮下瘘管。临床表现是反复流脓，从外口或内口反复流出脓血，疼痛并不是很明显。