附子理中丸的功效主要是温中健脾，因为含有附子和干姜，帮助温阳，特别是中焦之阳，即脾胃。主要用于治疗脾胃虚寒或脘腹冷痛，特别是存在呕吐、腹泻、常年便溏的患者。
通常有无脘腹冷痛难以判断，但可以观察四肢，例如手脚冰凉伴有腹泻的患者服用附子理中丸较好，急性胃肠炎造成的腹泻则不适合服用。另外，该药不可长期使用，并且过敏体质的患者或妊娠期妇女需要谨慎用药。因为该药含有附子，所以部分患者服用会出现血压增高，一旦出现血压增高、头痛、心悸等症状立即停药。总之，附子理中丸使用时主要应用温中健脾的作用，但是需要注意副作用，比如会引起血压升高。
