注射补钙针有副作用，而且是较为严重的副作用。因为注射补钙针可使患者的血钙急剧增加，通过肾脏排泄，而钙容易析出，在酸性的环境里容易形成钙的沉积。如果钙沉淀在肾脏内可以形成肾结石，沉淀在胆囊内形成胆结石，所以注射补钙针直接的副作用，就是形成各种结石。因为在打针时血钙瞬间升高，可以刺激身体分泌降钙素，使补充的钙较快被降解。同时钙的吸收不仅依靠补钙就能够完成，主要还需依靠维生素D的作用。如果身体没有足够的维生素D，即便注射补钙针后，钙吸收也不足够，且无法吸收的钙沉淀在血液内，通过血液达到各脏器，从而在各脏器内出现的结晶，形成各种结石。
通常结石形成较多的部位为泌尿系，因为血液进入肾脏以后，将多余的钙沉淀，沉淀在肾脏的钙形成小的结晶，逐渐成为肾结石，对人体的身体危害较大。所以注射补钙针的副作用较为严重，通常不建议患者注射补钙针。因为食物以及补充的钙制剂，就足以为人体提供需要的钙量。同时如果没有足够的维生素D，补充的钙也无法吸收。
