新霉素治疗肝性脑病的机制，通常为抑制肠道细菌氨物质的产生，肝性脑病的发生机制比较复杂，有很多不同学说，其中一种为氨中毒学说，即肝脏功能受损后，肝不能将机体产生的血氨转化成尿素代谢，从而血中氨物质含量升高，干扰机体的三羧酸循环，严重时引起肝性脑病的发生。
肠道细菌为产生氨的重要途径，因此进行肝性脑病治疗时，应减少肠道氨的产生和吸收，通常会使用不被肠道吸收，但对肠道细菌有一定抑制作用的抗生素，抑制肠道细菌产氨，通常新霉素就具有这样的作用。
在肝性脑病过程中，新霉素可以抑制肠道当中的细菌产生氨，从而减少血氨的产生，继而治疗或缓解肝性脑病的情况发生。通常建议肝性脑病患者，日常生活中应限制蛋白摄入，也可有效减轻体内氨物质的产生。
