大多数扁平苔藓能够治好，是一种病因不明的复发性炎症性皮肤病，可能与免疫、遗传、感染、神经精神因素等有关。目前也主要是对症治疗，但多数扁平苔藓根据临床观察可以最终好转，但时间可能不同，有的人是几周，有的人是几个月，甚至几年，但多数是良性的过程。
少数扁平苔藓可能会造成不可逆的损伤，难以治愈，比如累及到头皮毛囊的扁平苔藓，可以导致毛囊破坏，引起永久性脱发。如果累及到指甲的甲根，甲母痣部位造成损伤，可以引起指甲甲母痣破坏，形成永久性脱甲。如果是累及到口腔黏膜的扁平苔藓，有的会容易反复发作，甚至引起恶性癌变的可能。所以如果出现了扁平苔藓，还是要积极治疗，避免造成不可逆的损伤和破坏。
