脑部的神经痛，可分为三叉神经痛、枕大神经痛，以及舌咽神经痛。主要导致疼痛的原因如下：

一、三叉神经痛：

1、原发性神经痛：主要是因慢性的脱髓鞘改变，导致神经之间短路所造成。通常基于原发疾病较为轻微，而导致引起疼痛发生的原因被忽略，进而造成无法找出导致疼痛的具体病因；

2、继发性神经痛：通常病因较为明确，如三叉区域的带状疱疹、三叉神经根在桥脑小脑角的肿瘤，或内部存在血管，以及神经纤维之间的短路等；

二、枕大神经痛

1、病毒感染：导致枕大神经痛常见的原因主要也为带状疱疹，以及单纯疱疹。当枕大神经出现病变后，可导致神经纤维之间的脱髓鞘改变，并引起神经水肿，进而引起发作性的神经痛，一般经过治疗后好转；

2、颅内病变：如颅内高压，或者脑膜病变，也会影响到枕神经，造成发作性的枕神经痛。

三、舌咽神经痛

通常较为少见，主要发生于咽喉部，而并非脸部或枕部。舌咽神经痛也可分为原发性和继发性疼痛。原发性疼痛也可因病毒感染引起，部分患者可因脑干病变而导致。此外，若其他的周围组织、神经和血管压迫舌咽神经，或导致神经短路，也可引发疼痛。