内囊位于尾状核、豆状核和丘脑之间，内囊的前侧是尾状核、外侧是豆状核、内侧是丘脑。内囊是走行的白质纤维，不同的部位，功能也不尽相同。内囊的膝部主要是皮质核束，与面部的运动相关，内囊的后肢是皮质脊髓束，与肢体的运动相关。此外，内囊的后肢还有视辐射和听辐射。
内囊尽管所占面积不大，但内囊的白质纤维走行比较密集，若内囊出现病变，可能会对身体的功能造成比较大的影响。如果是脑梗塞或者出血，累及内囊部位，尽管病灶比较小，可能会对运动系统造成较大影响，可能会出现肢体的偏瘫、偏盲、偏深感觉障碍，也就是内囊病变的三偏综合征。
