附睾囊肿3mm的直径不算大，这算比较小的附睾囊肿，大的附睾囊肿直径往往能＞10mm。对于这种小的附睾囊肿，如果临床上没有症状，都可以暂时不做特殊处理。
但如果附睾囊肿伴有疼痛，尤其是在阴囊的B超影像上，看到附睾囊肿的区域有炎症的血流增加，这时候可以用喹诺酮类抗生素进行治疗，代表性的药物像左氧氟沙星，一般疗程是2-3周。
也可以加用一些中药进行治疗，比如像癃清片、复方金钱草，也有一定的疗效。另外在治疗上，鼓励患者尽量多的适度增加性生活，增加射精次数，因为附睾的囊肿其实是附睾内的精液没有及时排出，或者出现淤积现象导致。
适度增加性生活次数，对于缓解附睾囊肿也有一定的治疗意义。对于比较着急想要生育的患者，如果出现了附睾囊肿也不用惊慌，建议做精液常规检测，如果在精液常规检测中精子的总数、精子的活力基本正常，则生育一般问题不大。
