卵巢囊肿与生育原则上无太大关系。因卵巢除包块外还有正常组织，且一侧囊肿，另外一侧为正常卵巢。因此机体只要能够排卵，有受精卵种植，基本可怀孕。小型巧囊还可选择怀孕达到治疗目的。如果为生理性囊肿，卵泡长大排卵后方可怀孕。因此卵巢囊肿需到医院就诊，大夫评估时生理性还是病理性囊肿后再考虑能否怀孕。
病理性囊肿包括内膜异位、浆液性、黏液性囊肿以及畸胎瘤。B超大夫可提供一定意见，原则上真性卵巢囊肿建议手术后再进行怀孕，但巧克力囊肿除外。巧克力囊肿患者建议直接怀孕，妊娠后可不用进行手术，囊肿会自行萎缩。但其它真性卵巢肿物在怀孕期间可发生扭转需在妊娠期进行手术治疗。
