通常做磁共振检查的时间会比CT较长，头部磁共振做普通序列，可能也要20分钟左右。由于磁共振会扫描不同的序列，比如弥散加全成像(DWI)、T1加权像、T2加权像、液体翻转抑制成像(FLARE)、磁敏感加权成像(SWI)，或者要对特殊部位比如矢状位等部位做检查。因此核磁检查需要的时间长，部分特殊的情况下，如果要做特殊序列或者更特殊的检查，可能需要的时间会更长。
做核磁检查时，要对患者身体情况做评估，例如有幽闭恐惧症的患者不适合做，生命体征不平稳的患者要完成整个核磁检查，会有一定的困难，此时可以改用CT等方式代替。相对核磁检查，CT扫描时间较短，但CT所提供的信息，或者是对精细结构的显示没有核磁较好。
