乳酸菌建议随餐喝或者餐后喝，因为乳酸菌是发酵牛奶变成酸奶的一种细菌，所以喝乳酸菌应该是在进食同时或者进食后。乳酸菌混杂在食物中，对乳糖进行分解，有利于吸收。牛奶制品会被分解成细小的颗粒，有利于吸收。乳酸菌如果空腹喝，在胃酸强劲的影响下有可能会灭活，减少对人体有益的效果。因此双歧杆菌类药物建议随餐吃，并且注意乳酸菌应该尽量在冷藏条件下保存。
小孩、老年人比较适合喝乳酸菌，因为能增强消化吸收的能力。乳酸菌的服用剂量也没有特别多的要求，适当喝没有坏处。乳酸菌主要是在肠道发挥作用，在胃内停留的时间有限，能改善肠道的菌群结构，对于改善消化吸收功能具有一定效果。
